書類が出来上がったら、いよいよ申請です。
窓口で書類一式を確認してもらって、問題がなさそうであれば申請！
・・・と、その前に、申請には手数料がかかります。
東京都以外の申請は、現金ではなく収入証紙で納めることになるので、交通安全協会に行って収入証紙を買いましょう。大抵、交通安全協会は警察署の中または敷地内にあるので、警察に行けばなんとかなります。
収入証紙を買おう（但し、東京都は除く）
車庫証明の申請には3000円弱かかります。これは窓口で現金で納めるのではなく、収入証紙を申請書に貼り、それで納めるというものです。（東京都は証紙が廃止されたので現金で納めます。）
必要な金額は都道府県によって異なります。交通安全協会で「車庫証明の収入証紙をください」と言えば、必要な金額分を買うことができます。
東京都は証紙がないので現金で納めます
東京都の場合、車庫証明申請時に申請手数料2,100円、交付時に標章交付手数料500円、それぞれ現金で納めます。
いざ、申請
収入証紙を貼ったら、後は申請するだけです。
車庫証明が交付されるのは、申請からおよそ2～7日後になります。何日後に交付されるのかは警察によって決まっているので、確認しておきましょう。特に問題が無ければ、この日付どおりに交付されます。申請の際、引き換え券をもらえる場合は、忘れずに受け取りましょう。
後は、交付日に受け取りに行けばOK！
車庫証明をゲットです。
なお、交付時のシステムも警察によって異なっています。引き換え券が無いところ、交付時は手ぶらでOKなところ、印鑑を押すだけなところ等、様々です。交付時に必要なものがあるのかどうか、確認しておくとよいでしょう。
収入証紙って？
「収入印紙なら聞いたことがあるけど、収入証紙とはまた違うの？」と思われるかもしれません。
収入証紙は、地方自治体（都道府県）の税金や手数料を払うために用いられる証票です。（東京都は廃止されました。）
一方、収入印紙は、国の税金や手数料を払うために用いられます。
どちらも行政にお金を納めるためのものですが、その対象（納付先）が国なのか地方なのかの違い、ということです。